La jeune Sheeta possède une étrange pierre bleue, vestige de l'ancienne civilisation de Laputa et donnant le pouvoir de voler. Elle est poursuivie par l'armée et par une bande de pirates qui veulent s'approprier cette pierre, mais elle va trouver de l'aide auprès d'un jeune garçon, Pazu, pour retrouver l'origine de cette pierre et la mystérieuse cité de Laputa.
